نسخة إي دبليو جيلبرت (1958) من خريطة جون سنو عام 1855 لتفشي كوليرا سوهو والتي تُظهر مجموعات حالات الكوليرا في وباء لندن عام 1854

في السابق ، كان أحد التطبيقات الأولى للتحليل المكاني في علم الأوبئة هو 1832 “Rapport sur la marche et les effets du choléra dans Paris et le département de la Seine”.

مثّل الجغرافي الفرنسي تشارلز بيكيه 48 مقاطعة في مدينة باريس بتدرج لوني نصف لوني حسب عدد الوفيات بسبب الكوليرا لكل 1000 نسمة.

شهد عام 1960 تطوير أول نظام جغرافي عملي حقيقي في العالم في أوتاوا ، أونتاريو ، كندا ، من قبل وزارة الغابات والتنمية الريفية الفيدرالية. تم تطويره من قبل الدكتور روجر توملينسون ، وكان يسمى نظام المعلومات الجغرافية الكندي (CGIS) وكان يستخدم لتخزين وتحليل ومعالجة البيانات التي تم جمعها من أجل جرد الأراضي الكندية – وهي محاولة لتحديد قدرة الأراضي في المناطق الريفية في كندا عن طريق رسم خرائط للمعلومات حول التربة والزراعة والترفيه والحياة البرية والطيور المائية والغابات واستخدام الأراضي بمقياس 1: 50000. تمت إضافة عامل تصنيف التصنيف أيضًا للسماح بالتحليل.

في عام 1986 ، تم إصدار نظام عرض الخرائط والتحليل (MIDAS) ، وهو أول منتج لنظام المعلومات الجغرافية لسطح المكتب لنظام التشغيل DOS. تمت إعادة تسميته في عام 1990 إلى MapInfo لنظام التشغيل Windows عندما تم نقله إلى نظام Microsoft Windows الأساسي. بدأ هذا عملية نقل نظم المعلومات الجغرافية من قسم الأبحاث إلى بيئة الأعمال.

بحلول نهاية القرن العشرين ، تم توحيد النمو السريع في الأنظمة المختلفة وتوحيدها على منصات قليلة نسبيًا وبدأ المستخدمون في استكشاف عرض بيانات GIS عبر الإنترنت ، مما يتطلب تنسيق البيانات ومعايير النقل. في الآونة الأخيرة ، يعمل عدد متزايد من حزم نظم المعلومات الجغرافية المجانية مفتوحة المصدر على مجموعة من أنظمة التشغيل ويمكن تخصيصها لأداء مهام محددة. يتم توفير البيانات الجغرافية المكانية وتطبيقات الخرائط بشكل متزايد عبر شبكة الويب العالمية (انظر قائمة برمجيات نظم المعلومات الجغرافية § نظم المعلومات الجغرافية كخدمة).